財政部台北國稅局表示，員工因為超時工作而取得加班費，依法可以有條件免繳納所得稅，公司針對這筆薪資收入也可以免辦扣繳，但若國稅局查核後發現，這筆加班費是按月固定給付的津貼，就會將認定是薪資的一部分，公司仍要依法辦理扣繳，同時勞工也需要針對「加班津貼」繳納所得稅否則可能面臨罰鍰。
針對加班費免繳納所得稅的情形，可分為下列3種狀況
- 公私營事業員工，依勞動基準法第24條和第32條規定的限度內支領的加班費可免納所得稅，不分男工女工，雇主延長勞工之工作時間連同正常工作時間，一日不得超過12小時，延長工作時間，一個月以46小時為上限。
- 機關、團體、公、私營事業員工為雇主之目的，於發生颱風及其他天然災害，經主管機關公布該地區為「放假日」，仍照常執行職務而支領之加班費，其金額符合規定標準範圍以內者，免納所得稅，其加班時數，不計入「每月平日延長工作總時數」之內。
- 雇主規定員工每週工作五日或五日半，而員工為雇主之目的，於例假日執行職務支領之加班費，其金額符合勞工基準法第24條規定標準者，其加班時數，不計入「每月平日延長工作總時數」之內，其所得免納所得稅。
【舉例】小明一個月內正常工作天中已加班50小時，46小時的部分屬於免稅，另外超過4小時，加班費則要併入薪資所得課稅，但若國定假日又加班了6小時，只要他所領的加班費符合勞基法的標準，這6小時的加班費仍然免稅。
官員表示，依據《勞動基準法》以及《所得稅法》相關規定以財政部的函釋，薪資收入當中的加班費不超過單月46小時者，可以免納綜合所得稅；對於公司方面而言，加班費一樣能以費用列支，但不用辦理扣繳。
然而當年的函釋中另有但書規定，如果員工不論有無加班事實、不論加班時數多寡，公司一律按月定額給付，這種情況其實就要視為所得稅法中的「津貼」，屬於薪資的一環，無法適用免稅規定。
儘早做好稅務規畫，合法的節稅，讓自己能夠有更多可以運用的資金，避免自己的權益和優惠，在不知不覺中被侵蝕或疏漏了。
