離婚該年度可以雙方可以自行選擇綜所稅分開申報或是合併申報，但只有離婚該年度可以自行選擇，下年度就必須分開申報。
國稅局提醒，根據所得稅法規定，夫妻離婚後，該年度申報所得稅雙方可以自行選擇綜合所得稅要合併申報或是分開申報；但在下一年度因為婚姻關係已經不存在，所以就不能再合併申報，否則將面臨補稅以及漏稅額0.2倍的罰鍰。
另外離婚生效年度也需要特別注意，如果是兩願離婚，則是以登記的日子判斷離婚生效年度，也就是假設是107年登記離婚，則在申報107年綜合所得稅時仍可以選擇要分開或合併申報；但如果是裁判離婚則是以裁判日判斷離婚生效年度，而非登記離婚的年度。
國稅局舉例，夫婦兩人在105年經法院判決離婚，106年向戶政事務所辦理離婚登記，但兩人106年仍採合併申報，事後被國稅局發現，將兩人改為分開申報，在剔除配偶免稅額、標準扣除額後，其中一方必須補稅，並得依法處以罰鍰。
國稅局表示，上述案例中，夫婦兩人在105年還可合併申報，但106年起，因法院判決婚姻關係已不存在，即使還沒向戶政機關完成登記，一樣不能合併申報，以免面臨補稅罰鍰。
不過如果是分居的納稅人及配偶，原則上必須合併申報，除非有遭受家暴、取得保護令，或符合民法規定難以維持共同生活，分居六個月以上，向法院聲請宣告採分別財產等情形，才可分開各自辦理綜所稅申報及計算稅額，免合併歸戶核課。
另外如果僅因夫妻感情不睦而分居，導致無法合併辦理結算申報，可分別填報申報書，但仍應在申報書上填寫配偶姓名、身分證統一編號及勾選「分居」字樣，由國稅局按夫妻所得額、扣除額資料歸戶，據以核定夫妻各自應補徵或退還稅額，否則恐涉及規避累進稅率，遭國稅局開罰。
國稅局舉例，王先生與配偶在104年間結婚，後來夫妻感情不睦而分居，王先生107年辦理106年綜所稅結算申報時，雙方都沒有在結算申報書中填載配偶姓名、身分證統一編號，也未勾選「分居」，就各自分別辦理結算申報，最後導致短漏稅額，遭國稅局補稅。
離婚夫妻要特別注意自己的離婚生效年度，以免合併申報後被國稅局要求補稅及處以罰鍰。
